重点科室：周巷骨伤科、颈肩腰腿疼痛科、内科、外科、妇科、康复科。

周巷骨伤科：周巷劳氏骨伤科是我院重点特色学科，引进浙江省中医骨伤科学术流派——劳氏伤科。为患者提供每天坐诊、手术、查房、康复治疗等一系列服务，开展中医骨伤科、创伤外科、脊柱外科、关节外科、修复重建科、颈肩腰腿痛康复科等常规业务。本学科是浙江省县级医学学科，已取得浙江省中医药管理局基层中医药优势病种重点建设项目课题23项，获实用专利4项，获得慈溪市科技进步奖三项，由中医药出版社出版的中医骨伤特色流派丛书《劳氏伤科经验与特色》为临床骨伤科医生提供了有益参考。

诊疗项目：四肢骨折创伤、脱位、软组织损伤、颈椎病、肩周炎、腰椎间盘突出、关节炎、腱鞘炎、骨质疏松、骨质增生、椎管狭窄、坐骨神经痛、颈肩腰腿痛等急慢性骨伤科疾病。

颈肩腰腿疼痛科：重点专科，与浙江省人民医院疼痛科团队紧密合作，在我院成立疼痛科李顺医师工作室，由浙江省人民医院疼痛科主任李顺带领其团队定期出诊，开展专科对口扶持、业务指导、远程会诊、双向转诊、手术等合作。

拥有椎间孔镜、膝关节镜、射频热凝控温器、医用臭氧治疗仪、体外冲击波治疗仪、银质针导热巡检仪、超声激光治疗仪、PRP离心机等设备。目前已熟练开展颈肩腰腿疼痛、神经病理性疼痛、癌痛三大慢性疼痛领域的常规诊疗技术，包括中医中药、冲击波物理治疗、针灸针刀、彩超下可视化神经阻滞、臭氧射频消融术、PRP、椎体成形术、椎间孔镜等多种诊疗技术。

内科：科室依托完善的诊疗设备和专业的医疗队伍进行内科学术建设，内科涉及广泛，包括呼吸、循环、消化、泌尿、血液内分泌及代谢等系统疾病，是临床医学各科的基础和支柱。

外科：目前开展包括普通外科、神经外科、肛肠外科、骨科、泌尿外科、甲乳外科、血管外科等专业，配置多台医疗设备，可以三、四级手术，与沪、杭医师深入合作。

妇科：重点建设特色学科，汇聚了众多专业妇科医师常年坐诊或担任主诊医师，引进了多普勒彩超系统、原装进口LEEP刀等妇科诊疗设备。

康复科：重点科室，特设门诊、病房、康复治疗室、综合训练室、理疗室、语言训练室以及全套康复设备，专业开展运动治疗、作业治疗、语言训练、吞咽训练、（电、声、光）治疗、高压氧舱治疗等。

上虞第三医院现开设周巷骨伤科、内科、外科、妇科、眼科、耳鼻咽喉科、口腔科、皮肤科、中医科、中西医结合科、康复医学科、麻醉科、医学检验科、医学影像科等20多个临床医技科室。